Die administrative Geschäftsführung ist verantwortlich für die Regelung der kaufmännischen, rechtlichen und administrativen Angelegenheiten des WZB. Neben den Einheiten der Verwaltung sind ihr die Abteilung Wissenschaftliche Information, IT&eScience und  das Gremienbüro zugeordnet. Neuer administrativer Geschäftsführer ist seit Mai 2025 Dr. Marcus Kölling.